Ученые из НИУ ВШЭ изучили образцы опухолей и определили, какие гены связаны с развитием самого агрессивного и распространенного подтипа светлоклеточного рака почки. Результаты работы описаны в статье, опубликованной в журнале Scientific Reports.
Светлоклеточный рак считается самым опасным и распространенным видом рака почки: после 5 лет лечения погибают 30-40% пациентов. Имеющихся на данный момент у врачей знаний недостаточно для эффективного прогнозирования течения болезни.
Ученые проанализировали 456 образцов опухолей из Атласа генома рака (TCGA), для которых не проводилась лучевая или фармакотерапия, и определили подтипы рака с неблагоприятными и благоприятными прогнозами. Эти подтипы были выделены методом k-средних, когда выборку делят на подгруппы со схожими свойствами. Выбор метода основывался на информации о 2000 генах с наиболее изменяющейся экспрессией при светлоклеточном раке почки.
Алгоритм на каждом этапе сортировал образцы опухолей по схожести экспрессии этих генов, в результате чего было выделено три кластера (подтипа) с разной выживаемостью пациентов. Для кластера с наихудшей выживаемостью характерно наличие метастазов и худший ответ на терапию. Авторы работы обнаружили ключевые гены, отвечающие за развитие заболевания. Некоторые из них могут определять эффективность применения противоопухолевых препаратов. Зная это, врачи смогут подбирать наиболее эффективное лечение для пациентов.
