Группа российских и американских ученых, в которую вошли сотрудники Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ, разработала сборщик metaFlye для сборки образцов ДНК микробных сообществ. Результаты работы описаны в статье, опубликованной в журнале Nature Methods.
Сегодня для изучения ДНК любого живого организма ученые всего мира используют сложные биотехнологические инструменты — секвенаторы. Однако они не умеют «прочитывать» геном целиком и делают это отдельными короткими фрагментами — ридами. Объединить их в более длинные фрагменты или даже в единую последовательность исходного генома крайне сложно, в том числе потому что геномы часто содержат множество одинаковых повторяющихся последовательностей, которые превышают длину прочтений. Решить эту задачу помогают специальные программы — геномные сборщики.
Такие программы разрабатывают в ведущих лабораториях биоинформатики по всему миру. Дело в том, что лежащие в основе сборщиков алгоритмы нужно адаптировать к разным типам входных данных, получаемых на разных видах секвенаторов, а также к различным организмам.
Новый сборщик metaFlye используется при сборке метагеномов, то есть образцов ДНК микробных сообществ, полученных из различных сред, — например, из глубин океана, почвы или кишечника человека. Сборка такого образца позволяет определить, какие организмы в нем представлены и в каком количестве, а дополнительный анализ этих данных дает еще больше информации, которую можно использовать для решения как фундаментальных, так и прикладных задач. Например, для поиска новых лекарств, определения причин особой плодородности почвы, проверки хода лечения человека и т.д.
